EN 'WIKIPEDIA' TIL BIOMEDISKE BILLEDER

Platformen er bygget på grundlag af en tidligere, kaldet ImageJ, der var velkendt i sektoren på det tidspunkt og var ikke open source men offentlig ejendom. Ifølge Arganda havde det den fordel, at enhver, der arbejdede inden for medicinsk billeddannelse, meget let kunne lave programbits for at løse deres egne problemer og sætte dem på platformen med et system kaldet et plug-in (en applikation, der vedrører en anden til give en ny og specifik funktion).

Dog tilføjer han, at denne platform blev for kaotisk med applikationer af alle slags og ikke kun biomedicinsk billeddannelse. Det begyndte også at blive brugt til behandling af astronomibilleder, videosporing osv. "Der var en stor mangel på kontrol og mangel på struktur," siger han.

Derfor besluttede denne gruppe forskere, " uden støtte fra nogen og spontant, " at skabe en ny open source-platform, der sætter orden i det, der allerede eksisterede og genanvendte det, der var interessant og nyttigt til deres arbejde.

"Vi lavede en web ellerdenada type wikipedia, hvor folk kunne bidrage og bruge deres viden til at hjælpe andre. Til vores overraskelse er det blevet meget populært, ”siger han. Ifølge Ignacio Arganda har Fiji i øjeblikket 127.000 unikke besøg (20.000 nye hver måned).

En henvisning

”Brugere giver denne platform høj kvalitet med deres bidrag, og det er et godt løft for flere og flere mennesker at dele deres kode frit. Derfor er Fiji blevet en de facto standard i den biomedicinske billeddannelsessektor "understreger Arganda

”Dette var vores mål, fordi de fleste af dem, der deltog i dette projekt, havde arbejdet i årevis inden for medicinsk billeddannelse, og vi fandt artikler, der refererede til en fantastisk metode for ofte.til at behandle billeder, men i sidste ende kunne du ikke kontrollere, om det var sandt eller ej, fordi teknikken var forbundet med et program, der ikke blev leveret, og billeder, der heller ikke var tilgængelige. "

Der er i øjeblikket omkring 20 udviklere fordelt over hele verden, der arbejder for at forbedre platformen, og de gør det gratis . "De er alle videnskabsmænd, der har deres eget projekt, men som udvikler det på denne platform, fordi de finder det mere behageligt og betragter det som mere interessant," siger Arganda.

Denne forsker blev kontaktet af Fijis promotorer for sit doktorafhandlingsprojekt. "Jeg arbejdede på et brystkirtel og brystkræftudviklingsundersøgelsesprojekt med mus, og jeg havde nogle vævsskæringer. Jeg begyndte at udvikle et program til at lave en elastisk tilpasning af billeder for at tillade 3D-rekonstruktion . De var interesserede og de kaldte mig der vil samarbejde på platformen. "

Dette er et eksempel på, hvad der er inde i Fiji,siger han. Nu arbejder Arganda i maskinlæringssystemer for at genkende kanterne på neuroner i elektronmikroskopibilleder på MIT Laboratory of Computational Neuroscience. De applikationer, han har udviklet, har også slået dem på platformen.

Succes med virksomheder

Forskeren mener, at Fijis succes også ændrer den måde, virksomhederne i den biomedicinske billedbehandlingssektor handler på, både mikroskopifirmaer og store laboratorier. "Disse virksomheder anerkender denne platform som en høj kvalitetsstandard og ved, at de har to muligheder: eller konkurrerer eller samarbejder med Fiji. De kan lave deres egne plug-ins, der fungerer på platformen og vedligeholde dem, og så hvis det er noget meget specifikt, kan de sælge det til brugere. "

"For mig for eksempel uEt mikroskopifirma kontaktede mig, fordi de brugte mit elastiske billedjusteringsprogram til at korrigere deformationer i deres mikroskoper . Jeg blev bedt om en bestemt version af programmet, men det var en udvikling, der blev foretaget i løbet af min afhandling, så det ikke let kunne kommercialiseres. I sidste ende nåede vi til en aftale, så de kunne bruge den med den eneste betingelse, at hvis de foretager nogen forbedring, skulle de informere mig, så jeg kunne inkludere den som gratis kode og uploade den til platformen. "

Ignacio Arganda forklarer, at der ligesom ham også er andre forskere, der også har haft kontakt med virksomheder, der har ansat dem som konsulenter i flere dage for at opretholde den kode, de havde brug for for at udvikle deres produkter.

"Platformen giver dig stor synlighed," siger han, "jeg blev tilbudt postdoktor ved Stanford University og MIT, fordi de havde adgang til min elastiske justeringskode og vidste, hvad jeg var i stand til," konkluderer han.

Kortlægge neuro-forbindelsernal

Ignacio Arganda laver sin postdoktor ved MIT Laboratory of Computational Neuroscience, instrueret af mediamanen Sebastian Seung, en af lederne af Conectoma-projektet . Dette initiativ sigter mod at have et kort over alle de neurale forbindelser i hjernen fra en online applikation kaldet eyewire.org åben for borgernes deltagelse.

Arganda er ansvarlig for at udvikle kunstige intelligensprogrammer, der automatisk genkender konturen af neuroner og derefter er i stand til at genopbygge ledningerne i de områder af hjernen.