WIKIPEDIA FÜR BIOMÄDISCHE BILDER

Die Plattform wurde auf den Fundamenten einer früheren Plattform namens ImageJ, zu der Zeit in der Branche bekannt, und das war nicht Open Source, sondern gemeinfrei. Laut Arganda hatte dies den Vorteil, dass jeder, der in der medizinischen Bildgebung arbeitete, dies sehr leicht tun konnteProgrammstücke, um ihre eigenen Probleme zu lösenund stellen Sie sie mit einem System namens Plug-In (eine Anwendung, die mit einer anderen verwandt ist, auf die Plattform, um eine neue und spezifische Funktion bereitzustellen).

Diese Plattform sei jedoch mit Anwendungen aller Art und nicht nur mit biomedizinischer Bildgebung zu chaotisch geworden. Es wurde auch zur Behandlung von Astronomiebildern, bei der Videoverfolgung usw. verwendet. "Es gab einen sehr großen Mangel an Kontrolle und Strukturmangel", sagt er.

Daher ist diese Gruppe von Forschern "ohne die Unterstützung von jemandem und spontan ", beschloss, eine neue Open Source - Plattform zu schaffen, die das Bestehende ordnen und das für ihre Arbeit interessante und nützliche Objekt wiederverwenden würde.

"Wir haben ein Web oderdenada type wikipedia, in dem die Menschen ihr Wissen einbringen und nutzen könnenum anderen zu helfen. Zu unserer Überraschung ist es sehr beliebt geworden. “Laut Ignacio Arganda hat Fiji derzeit 127.000 Besuche (20.000 neue Besuche pro Monat).

Eine Referenz

"Benutzer geben dieser Plattform mit ihren Beiträgen eine hohe Qualität. Dies ist ein großer Impuls für immer mehr Menschen, ihren Code frei zu teilen. Deshalb ist Fiji zu einem De-facto-Standard in der biomedizinischen Bildbranche geworden. ", unterstreicht Arganda

"Dies war unser Ziel, weil die meisten von uns, die an diesem Projekt teilgenommen haben, jahrelang auf dem Gebiet der medizinischen Bildgebung gearbeitet haben, und wir waren zu oft mit Artikeln beschäftigt, die auf eine fantastische Methode bezogen warenum Bilder zu verarbeiten, aber am Ende war es nicht möglich zu überprüfen, ob es wahr ist oder nicht, weil die Technik mit einem Programm verbunden war, das nicht bereitgestellt wurde, und auf einige Bilder, auf die auch nicht zugegriffen werden konnte ".

In diesen Momenten gibt es Etwa 20 weltweit verteilte Entwickler arbeiten an der Verbesserung der Plattform und tun dies kostenlos. "Alle sind Wissenschaftler, die ein eigenes Projekt haben, das jedoch auf dieser Plattform entwickelt wird, weil sie es bequemer finden und für interessanter halten", sagt Arganda.

Dieser Forscher wurde von den Projektträgern von Fiji für ein Promotionsprojekt kontaktiert. "Ich arbeitete an einem Studienprojekt zur Entwicklung der Brustdrüse und Brustkrebs bei Mäusen. Ich hatte einige Gewebeschnitte und begann mit der Entwicklung eines Programms zur elastischen Bildausrichtung 3D-Rekonstruktion zulassen . Sie waren interessiert und riefen mich zur Zusammenarbeit auf der Plattform an. "

Dies ist ein Beispiel dafür, was sich in Fidschi befindet.sagt Jetzt arbeitet Arganda in maschinellen Lernsystemen, um zu stoppen die Kanten von Neuronen in Bildern erkennen der elektronischen Mikroskopie im Computational Neuroscience Laboratory des MIT. Die von ihm entwickelten Anwendungen wurden ebenfalls in die Plattform aufgenommen.

Erfolg mit Unternehmen

Der Forscher glaubt, dass der Erfolg von Fidschi auch das Verhalten von Unternehmen im Bereich der biomedizinischen Bildgebung verändert, sowohl in Mikroskopie-Unternehmen als auch in großen Laboren. "Diese Unternehmen erkennen diese Plattform als anein hoher Qualitätsstandardund sie wissen, dass sie zwei Möglichkeiten haben: entweder mit Fidschi zu konkurrieren oder mit ihnen zusammenzuarbeiten. Sie können ihre eigenen Plug-Ins erstellen, die auf der Plattform funktionieren, und sie behalten. Wenn es etwas sehr Spezielles ist, können sie es an Benutzer verkaufen. "

"Zu mir zum Beispiel uEine Mikroskopie-Firma kontaktierte mich, weil sie mein elastisches Bildausrichtungsprogramm dazu verwendete korrigieren Sie die Verformungen in Ihren Mikroskopen. Ich wurde nach einer bestimmten Version des Programms gefragt, aber es war eine Entwicklung, die während meiner Doktorarbeit gemacht wurde, sodass es nicht leicht kommerzialisiert werden konnte. Am Ende haben wir uns darauf geeinigt, dass sie es mit der einzigen Bedingung nutzen können, dass sie mich benachrichtigen müssten, wenn sie eine Verbesserung vornehmen würden, damit ich sie als kostenlosen Code einbinden und auf die Plattform hochladen kann. "

Ignacio Arganda erklärt, dass es andere Forscher gibt, die auch Kontakt zu Unternehmen hatten, die sie tagelang als Berater angestellt haben, um den Code aufrechtzuerhalten, den sie zur Entwicklung ihrer Produkte benötigten.

"Die Plattform gibt Ihnen eine hervorragende Sichtbarkeit", sagt er, "mir wurde ein Postdoktorat an der Stanford University und am MIT angeboten, weil sie Zugang zu meinem elastischen Ausrichtungscode hatten und sie wussten, wozu ich fähig war", schließt er.

Zuordnung der Neuro-VerbindungenNales

Ignacio Arganda promoviert im MIT Computational Neuroscience Laboratory unter der Leitung von Sebastian Seung, einem der führenden Politiker der Universität Conectoma-Projekt. Diese Initiative zielt darauf ab, eine Karte aller neuronalen Verbindungen des Gehirns aus einer "Online" -Anwendung zu erhalten eyewire.orgoffen für die Bürgerbeteiligung.

Arganda ist für die Entwicklung verantwortlichstark>künstliche Intelligenzprogramme, die automatisch die Kontur von Neuronen erkennen und dann in der Lage sein, die Verdrahtung in diesen Bereichen des Gehirns zu rekonstruieren.