'WIKIPEDIA' BIOMEDISILLE KUVILLE

Alusta on rakennettu edellisen, ImageJ- nimisen, perustalle, tunnettiin tuolloin alalla hyvin, eikä se ollut avoimen lähdekoodin vaan julkinen. Argandan mukaan sillä oli etuna, että kuka tahansa lääketieteellisessä kuvantamisessa työskennellyt pystyi helposti tekemään ohjelmabittejä ratkaisemaan omat ongelmansa ja asettamaan ne alustalle, jota kutsutaan laajennukseksi (sovellus, joka liittyy toiseen tarjota uusi ja tarkka toiminto).

Hän lisää kuitenkin, että tästä alustasta tuli liian kaoottinen kaikenlaisissa sovelluksissa eikä pelkästään lääketieteellisessä kuvantamisessa. Sitä alettiin käyttää myös tähtitiedekuvien, videoseurannan jne. Käsittelemiseen. "Siellä oli suuri valvonnan puute ja rakenteen puute", hän sanoo.

Siksi tämä tutkijaryhmä päätti " ilman kenenkään tukea ja spontaanisti " luoda uuden avoimen lähdekoodin alustan, joka asetti järjestyksen jo olemassa olevaan ja käytti uudelleen sitä, mikä oli mielenkiintoista ja hyödyllistä heidän työlleen.

"Teimme verkon taidenadatyyppinen wikipedia, johon ihmiset voivat osallistua ja käyttää tietonsa muiden auttamiseen. Yllätykseemme siitä on tullut erittäin suosittua ", hän sanoo. Ignacio Argandan mukaan Fidžillä on tällä hetkellä 127 000 ainutlaatuista käyntiä (20 000 uutta kuukaudessa).

Viite

"Käyttäjät antavat tälle alustalle korkealaatuisen panoksensa, ja se on suuri vauhti yhä useammille ihmisille jakaa koodiaan vapaasti. Siksi Fidžistä on tullut tosiasiallinen standardi biolääketieteellisessä kuvantamisessa "korostaa Argantaa

"Tämä oli tavoitteemme, koska suurin osa projektiin osallistuneista oli työskennellyt vuosien ajan lääketieteellisen kuvantamisen alalla, ja löysimme artikkeleita, joissa viitattiin fantastiseen menetelmään liian usein.käsittelemään kuvia, mutta lopulta et voinut tarkistaa, onko se totta vai ei, koska tekniikka liitettiin ohjelmaan, jota ei toimitettu, ja kuviin, joita ei myöskään voitu käyttää. "

Nykyään noin 20 kehittäjää ympäri maailmaa pyrkii parantamaan alustaa ja tekevät sen ilmaiseksi . "Heillä kaikilla on tiedemiehiä, joilla on oma projekti, mutta jotka kehittävät sitä tällä alustalla, koska pitävät sitä mukavampana ja pitävät sitä mielenkiintoisempana", Arganda sanoo.

Fidžin vetäjät ottivat tutkijan yhteyttä väitöskirjahankkeessaan. "Työskentelin rintarauhanen ja rintasyövän kehitystä koskevassa tutkimusprojektissa hiirien kanssa ja minulla oli joitain kudosleikkauksia. Aloin kehittää ohjelmaa kuvien joustavaksi kohdistamiseksi 3D-rekonstruktion mahdollistamiseksi . He olivat kiinnostuneita ja kutsuivat minut joka toimii yhteistyössä alustalla. "

Tämä on esimerkki asioista, jotka ovat Fidžin sisällä,hän sanoo. Nyt Arganda työskentelee koneoppimisjärjestelmissä tunnistamaan neuronien reunat elektronimikroskopiakuvissa MIT-laskennallisen neurotieteen laboratoriossa. Hänen kehittämät sovellukset ovat myös kääntäneet ne alustalle.

Menestys yritysten kanssa

Tutkija uskoo, että Fidžin menestys muuttaa myös tapaa, jolla lääketieteellisen kuvantamisen alan yritykset toimivat, sekä mikroskopiayritykset että suuret laboratoriot. "Nämä yritykset tunnustavat tämän alustan korkeatasoiseksi standardiksi ja tietävät, että heillä on kaksi vaihtoehtoa: kilpailla tai tehdä yhteistyötä Fidžin kanssa. Ne voivat tehdä omia laajennuksia, jotka toimivat alustalla ja ylläpitää niitä, ja jos se on jotain erityistä, he voivat myydä se käyttäjille. "

"Minulle esimerkiksi uMikroskopiayritys otti minuun yhteyttä, koska he käyttivät joustavaa kuvankohdistusohjelmaani korjaamaan mikroskooppien muodonmuutokset . Minulta pyydettiin tiettyä versiota ohjelmasta, mutta se oli tutkielmani aikana tehty kehitys, joten sitä ei voitu helposti markkinoida. Lopulta pääsimme sopimukseen, jotta he voisivat käyttää sitä vain sillä edellytyksellä, että jos he tekevät parannuksia, heidän on ilmoitettava minulle, jotta voin sisällyttää sen ilmaiseksi koodiksi ja ladata sen alustaan. "

Ignacio Arganda selittää, että hänen kaltaisensa tapaan on myös muita tutkijoita, joilla on ollut yhteyttä myös yrityksiin, jotka ovat palkanneet heidät konsultteiksi päiviksi pitämään tuotteiden kehittämiseen tarvittavaa koodia.

"Alusta antaa sinulle suuren näkyvyyden", hän sanoo. "Minulle tarjottiin jatkotutkinto Stanfordin yliopistossa ja MIT: ssä, koska heillä oli pääsy joustavaan kohdistuskoodini ja he tiesivät mitä pystyin", hän toteaa.

Kartta neuroyhteydetnAL

Ignacio Arganda suorittaa jatkotutkintoa MIT: n laskennallisen neurotieteen laboratoriossa. Ohjaajana on mediamies Sebastian Seung, yksi Conectoma-projektin johtajista. Tämän aloitteen tavoitteena on saada kartta kaikista aivojen hermoyhteyksistä kansalaisten osallistumiselle avoimessa online-sovelluksessa, nimeltään eyewire.org .

Argandan tehtävänä on kehittää tekoälyohjelmia, jotka tunnistavat automaattisesti neuronien muodot ja pystyvät sitten rakentamaan johdotuksen uudelleen aivojen näille alueille.