nyheter

EN 'WIKIPEDIA' FÖR BIOMEDISKA BILDER

Noticias

En 'Wikipedia' för biomedicinska bilder

En grupp forskare, inklusive Ignacio Arganda, en postdoktor vid laboratoriet för beräknings neurovetenskap av Massachusetts Institute of Technology (MIT), har lanserat Fiji , en plattform för att dela program för att förbättra och främja bearbetning och analys biomedicinska bilder . "Allt detta i gratis kod", säger Arganda.

Plattformen har byggts på grunden till en tidigare, som heter ImageJ, välkänd inom sektorn vid den tiden och var inte öppen källkod utan public domain. Enligt Arganda hade det fördelen att alla som arbetade inom medicinsk avbildning mycket lätt kunde göra programbitar för att lösa sina egna problem och sätta dem på plattformen med ett system som kallas en plug-in (en applikation som hänför sig till en annan för ge en ny och specifik funktion).

Men, tillägger han, blev denna plattform för kaotisk med applikationer av alla slag och inte bara biomedicinsk avbildning. Det började också användas för att behandla astronomibilder, videospårning etc. "Det var en stor brist på kontroll och brist på struktur," säger han.

Därför beslutade denna grupp forskare, " utan stöd från någon och spontant, " att skapa en ny open source-plattform som ordnade det som redan fanns och återanvände det som var intressant och användbart för deras arbete.

"Vi skapade en webb ellerdenada typ wikipedia, där människor kan bidra och använda sin kunskap för att hjälpa andra. Till vår överraskning har det blivit mycket populärt, säger han. Enligt Ignacio Arganda har Fiji för närvarande 127 000 unika besök (20 000 nya varje månad).

En referens

"Användare ger denna plattform hög kvalitet med sina bidrag och det är ett bra boost för fler och fler att dela sin kod fritt. Därför har Fiji blivit en de facto standard inom den biomedicinska avbildningssektorn "understryker Arganda

"Detta var vårt mål eftersom de flesta av dem som deltog i detta projekt hade arbetat i flera år inom medicinsk bildbehandling och vi hittade artiklar som hänvisade till en fantastisk metod för ofta.för att behandla bilder, men i slutändan kunde du inte verifiera om det var sant eller inte eftersom tekniken var förknippad med ett program som inte tillhandahölls och bilder som inte heller var tillgängliga. "

Det finns för närvarande cirka 20 utvecklare över hela världen som arbetar för att förbättra plattformen och de gör det gratis . "De är alla forskare som har sitt eget projekt men som utvecklar det på den här plattformen eftersom de tycker det är bekvämare och anser att det är mer intressant," säger Arganda.

Denna forskare kontaktades av Fijis promotorer för sitt doktorsavhandlingsprojekt. "Jag arbetade på ett mammaprojekt och ett bröstcancerutvecklingsstudieprojekt med möss och jag hade några vävnadsskärningar. Jag började utveckla ett program för att göra en elastisk inriktning av bilder för att möjliggöra 3D-rekonstruktion . De var intresserade och de kallade mig till som kommer att samarbeta på plattformen. "

Detta är ett exempel på vad saker finns i Fiji,säger han. Nu arbetar Arganda i maskininlärningssystem för att känna igen kanterna på neuroner i elektronmikroskopibilder på MIT Laboratory of Computational Neuroscience. De applikationer han har utvecklat har också vänt dem på plattformen.

Framgång med företag

Forskaren tror att Fijis framgång också förändrar hur företag inom den biomedicinska bildsektorn agerar, både mikroskopiföretag och stora laboratorier. "Dessa företag känner igen denna plattform som en hög kvalitetsstandard och vet att de har två alternativ: eller tävla eller samarbeta med Fiji. De kan skapa sina egna plug-ins som fungerar på plattformen och underhåller dem och sedan om det är något mycket specifikt, kan de sälja det till användare. "

"Till mig till exempel uEtt mikroskopiföretag kontaktade mig eftersom de använde mitt elastiska bildjusteringsprogram för att korrigera deformationerna i deras mikroskop . Jag bad om en specifik version av programmet men det var en utveckling som gjordes under min avhandling, så det kunde inte lätt marknadsföras. I slutändan nådde vi en överenskommelse så att de kunde använda det med det enda villkoret att om de gjorde någon förbättring skulle de behöva informera mig så att jag kunde inkludera den som gratis kod och ladda upp den till plattformen. "

Ignacio Arganda förklarar att det, precis som honom, finns andra forskare som också har haft kontakt med företag som har anställt dem som konsulter i flera dagar för att behålla koden de behövde för att utveckla sina produkter.

"Plattformen ger dig stor synlighet," säger han. "Jag erbjöds postdoktorsexamen vid Stanford University och MIT eftersom de hade tillgång till min elastiska inriktningskod och visste vad jag kunde," avslutar han.

Karta neuro-anslutningarnal

Ignacio Arganda gör sin postdoktor på MIT Laboratory of Computational Neuroscience, regisserad av mediaman Sebastian Seung, en av ledarna för Conectoma-projektet . Detta initiativ syftar till att ha en karta över alla neurala anslutningar i hjärnan från en onlineapplikation som heter eyewire.org öppen för medborgarnas deltagande.

Arganda ansvarar för att utveckla program för artificiell intelligens som automatiskt känner igen konturen av nervceller och sedan kan bygga upp ledningarna i de områdena i hjärnan.

Ny produkt


Enviamos a las Islas Baleares y Canarias, el importe de los gastos de transporte serán calculados dependiendo del precio de su pedido.

Envios de Ortopedia a Canarias

Envios a Canarias

Ofrecemos el servicio puerta a puerta para que no tenga que involucrarse en ningún tipo de formalidad o papeleo a la hora de importar el producto o productos de ortopedia desde Canarias.

Una vez registrad@ en nuestra web e indicando una dirección de entrega, los precios estarán calculados con el IGIC canario y en los gastos de envio van incluidos el precio de los Despachos de Aduanas. Es decir usted no debe preocuparse por nada.

En caso de duda, por favor contacte con nosotros.

No reviews