Een 'WIKIPEDIA' VOOR BIOMEDISCHE AFBEELDINGEN

Het platform is gebouwd op de basis van een eerdere versie, genaamd ImageJ, destijds bekend in de sector en dat was niet open source maar openbaar domein. Volgens Arganda had het het voordeel dat iedereen die in medische beeldvorming werkte heel gemakkelijk stukjes software kon maken om hun eigen problemen op te lossen en ze op het platform kon zetten met een systeem genaamd plug-in (een applicatie die gerelateerd is aan een andere voor geef een nieuwe en specifieke functie).

Hij voegt er echter aan toe dat dit platform te chaotisch werd met allerlei soorten toepassingen en niet alleen met biomedische beeldvorming. Het begon ook te worden gebruikt voor de behandeling van astronomiebeelden, video-tracking, enz. "Er was een groot gebrek aan controle en gebrek aan structuur", zegt hij.

Daarom besloot deze groep onderzoekers " zonder de steun van wie dan ook en spontaan " een nieuw open sourceplatform te creëren dat orde zou scheppen in wat al bestond en opnieuw gebruiken wat interessant en nuttig was voor hun werk.

"We hebben een web gemaakt ofdenada type wikipedia, waarin mensen een bijdrage kunnen leveren en hun kennis kunnen gebruiken om anderen te helpen. Tot onze verbazing is het erg populair geworden. "Volgens Ignacio Arganda heeft Fiji momenteel 127.000 unieke bezoeken (elke maand 20.000 nieuwe).

Een referentie

"Gebruikers geven met hun bijdragen een hoge kwaliteit aan dit platform en dit is een grote impuls voor steeds meer mensen om hun code vrij te delen. Daarom is Fiji een de facto standaard geworden in de biomedische beeldsector. ", onderstreept Arganda

"Dit was ons doel, want de meesten van ons die aan dit project hebben deelgenomen, hadden jarenlang gewerkt op het gebied van medische beeldvorming en we waren te vaak met artikelen die refereerden aan een fantastische methodeom afbeeldingen te verwerken, maar uiteindelijk was het niet mogelijk om te verifiëren of het waar was of niet, omdat de techniek was gekoppeld aan een programma dat niet was geleverd en sommige afbeeldingen die ook niet toegankelijk waren ".

Op dit moment zijn er ongeveer 20 ontwikkelaars verspreid over de hele wereld die werken aan de verbetering van het platform en zij doen het gratis . "Allemaal wetenschappers die een eigen project hebben maar het op dit platform ontwikkelen omdat ze het prettiger vinden en ze het interessanter vinden", zegt Arganda.

Deze onderzoeker werd benaderd door de promotors van Fiji voor hun doctoraatsproject. "Ik werkte aan een onderzoeksproject naar de ontwikkeling van borstklierkanker en borstkanker bij muizen en ik had wat weefselverlies, en ik begon een programma te ontwikkelen om elastische beelduitlijning mogelijk te maken voor 3D-reconstructie . die op het platform zal samenwerken. "

Dit is een voorbeeld van wat dingen binnen Fiji zijn,zegt hij. Nu werkt Arganda in machine-leersystemen om de randen van neuronen in elektronenmicroscopiebeelden in het Computational Neuroscience Laboratory op MIT te herkennen . De applicaties die hij heeft ontwikkeld, zijn ook opgenomen in het platform.

Succes met bedrijven

De onderzoeker gelooft dat het succes van Fiji ook de manier van handelen van bedrijven in de sector van biomedische beeldvorming, zowel microscopiebedrijven als grote laboratoria, verandert. "Deze bedrijven erkennen dit platform als een hoge kwaliteitsnorm en ze weten dat ze twee opties hebben: ofwel concurreren of samenwerken met Fiji, ze kunnen hun eigen plug-ins maken die op het platform werken en ze houden en als het iets heel speciaals is, kunnen ze Verkoop het aan gebruikers. "

"Voor mij bijvoorbeeld uEen microscopisch bedrijf nam contact met me op omdat ze mijn programma van elastische beelduitlijning gebruikten om de vervormingen in hun microscopen te corrigeren . Ik werd om een ​​specifieke versie van het programma gevraagd, maar het was een ontwikkeling die tijdens mijn proefschrift werd gemaakt, dus het kon niet gemakkelijk worden gecommercialiseerd. Uiteindelijk bereikten we een overeenkomst zodat ze het konden gebruiken met de enige voorwaarde dat als ze enige verbetering zouden maken, ze me zouden moeten waarschuwen, zodat ik het als een gratis code kon opnemen en uploaden naar het platform. "

Ignacio Arganda legt uit dat er, net als hij, andere onderzoekers zijn die ook contact hebben gehad met bedrijven, die hen dagenlang als adviseur hebben ingehuurd om de code te behouden die ze nodig hadden om hun producten te ontwikkelen.

"Het platform geeft je veel zichtbaarheid," zegt hij, "Ik kreeg het postdoctorale diploma aan de Stanford University en MIT omdat ze toegang hadden tot mijn elastische uitlijningscode en ze wisten waartoe ik in staat was", besluit hij.

De neuroverbindingen in kaart brengennal

Ignacio Arganda doet zijn postdoctoraat bij het Computational Neuroscience Laboratory of MIT, geleid door de media Sebastian Seung, een van de leiders van het Conectoma-project . Dit initiatief beoogt een kaart te hebben van alle neurale verbindingen van de hersenen vanuit een online applicatie genaamd eyewire.org open voor burgerparticipatie.

Arganda is verantwoordelijk voor het ontwikkelen van kunstmatige intelligentieprogramma's die automatisch de contouren van de neuronen herkennen en vervolgens de bedrading in die gebieden van de hersenen kunnen reconstrueren.