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A 'Wikipedia' para Biomédica imagem

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Um grupo de pesquisadores, incluindo Ignacio Arganda, pesquisador de pós-doutorado no Laboratório de Neurociência Computacional no Instituto de Tecnologia de Massachusetts (MIT), lançaramFiji, Uma plataforma que permiteaplicação de compartilhamento de parceiros para posterior processamento e análise de imagens biomédicas. "Esta fonte aberta", disse Arganda.

A plataforma é construída sobre os alicerces de uma chamada anteriorImageJBem conhecido na indústria no momento e não foi open source, mas de domínio público. Segundo Arganda, tinha a vantagem de que qualquer pessoa que trabalha em imagens médicas pode ser feito muito facilmenteprograma de chip para resolver seus próprios problemase colocá-los na plataforma com um sistema chamado de plug-in (um aplicativo que se relaciona a outra para lhe trazer uma nova função específica).

No entanto, acrescenta, esta plataforma se tornou caótico com todos os aplicativos, e não apenas de imagens biomédicas. Também começou a usar para tratar imagens de astronomia, rastreamento de vídeo, etc. "Houve um grande descontrolado e falta de estrutura", diz ele.

Portanto, este grupo de pesquisadores, "sem o apoio de ninguém e de forma espontânea"Decidiu criar uma plataforma nova fonte aberta, a fim de colocar o que existia e reutilizados o que era interessante e útil para o seu trabalho.

"Nósum site tipo wikipedia ordenada, em que as pessoas podem contribuir e usar seu conhecimentopara ajudar os outros. Para nossa surpresa, tornou-se muito popular ", diz ele. Segundo Ignacio Arganda, Fiji tem atualmente 127.000 visitas únicas (20.000 a cada mês novo).

Um benchmark

"Os usuários dão grande qualidade a esta plataforma com suas contribuições e isso é um grande impulso para mais e mais pessoas compartilham seus códigos livremente. Portanto Fiji tornam-se um padrão de fato no campo de imagens biomédicas "enfatiza Arganda

"Esse era o nosso objetivo, porque a maioria de nós envolvidos nesse projeto havia trabalhado por anos na área de imagens médicas e nós também muitas vezes com artigos quese refere a um método fantástico para tratar imagens, mas, finalmente, não podia ver se era verdade ou não, porque a técnica foi associada com um programa que não foi fornecido e algumas imagens que não eram acessíveis. "

Existem actualmentecerca de 20 desenvolvedores distribuídos ao redor do mundo a trabalhar para melhorar a plataforma e fazer isso de graça. "Todos são cientistas que têm o seu próprio projecto, mas que se desenvolvem nesta plataforma, porque é mais confortável e considerá-lo mais interessante", diz Arganda.

Neste investigador contactado os promotores de Fiji para sua tese de doutorado. "Eu trabalhei em um projeto para estudar o desenvolvimento da glândula mamária e câncer de mama em camundongos e seções de tecido era. Começou a desenvolver um programa para o alinhamento elástico de imagens parapermitir a reconstrução 3D. Estavam interessados ​​e eles me chamaram para colaborar com a plataforma ".

Este é um exemplo de como as coisas estão em Fiji, diz. Agora Arganda trabalha em sistemas de aprendizagem de máquina pararreconhecer bordas em neurônios imagensmicroscopia eletrônica no Laboratório de Neurociência Computacional do MIT. Aplicativos que foram desenvolvidos sobre o despejo plataforma também.

Sucesso com o negócio

O pesquisador acredita que o sucesso de Fiji também está mudando a maneira como as empresas operam setor imagens biomédicas, os dois grandes empresas e laboratórios de microscopia. "Essas empresas reconhecem esta plataforma comoum alto padrão de qualidadee sei que eles têm duas opções: ou competir ou cooperar com Fiji. Eles podem fazer o seu próprio plug-in para trabalhar na plataforma e, em seguida, mantê-los se for algo muito específico, podem ser vendidos para os usuários. "

"Para mim, como microscopia de uma empresa contactou-me porque eles estavam usando o meu programa de alinhamento elástico para imagenscorrigir as distorções em seus microscópios. Perguntei a uma versão específica de um programa de desenvolvimento, mas foi feito para a minha tese, então eu não poderia vender facilmente. No final, nós concordou que poderia ser usado com a única condição de que, se eles fizeram alguma melhoria teria de me informar que eu poderia incluir o código como livre e enviá-lo para a plataforma ".

Ignacio Arganda explica que, como ele, há outros pesquisadores que também tiveram contato com as empresas que contrataram-los como consultores para os dias para manter o código que precisavam para desenvolver seus produtos.

"A plataforma dá-lhe grande visibilidade, diz ele. Oferecido a mim o pós-doutorado na Universidade de Stanford e do MIT porque eles tinham acesso ao meu elástico alinhamento código e sabia o que ele era capaz de fazer," conclui ele.

Mapeamento de conexões neurais

Ignacio Arganda está fazendo seu pós-doutorado no Laboratório de Neurociência Computacional do MIT, liderada por Sebastian Seung mídia, um dos líderesconectoma projeto. Esta iniciativa pretende ter um mapa de todos os do cérebro conexões neurais a partir de um aplicativo online chamado aquieyewire.orgaberta à participação do público.

Arganda está relacionada com o desenvolvimentoprogramas de inteligência artificial reconhecer automaticamente o contorno de neurôniose, em seguida, ser capaz de reconstruir a fiação nestas áreas do cérebro.

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