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A 'Wikipedia' for Biomedical Imaging

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Un gruppo di ricercatori, tra cui Ignacio Arganda, un ricercatore post-dottorato presso il Computational Neuroscience Laboratory del Massachusetts Institute of Technology (MIT), hanno lanciatoFiji, Una piattaforma che permettecondivisione dei partner applicativi per l'ulteriore elaborazione e l'analisi di immagini biomediche. "Questo open source", ha detto Arganda.

La piattaforma è costruita sulle fondamenta di una precedente chiamataImageJ, Ben conosciuta nel settore in quel momento e non era open source, ma di dominio pubblico. Secondo Arganda, aveva il vantaggio che ogni persona che lavora in diagnostica per immagini può essere fatto molto facilmenteprogramma di chip per risolvere i propri problemie metterli sulla piattaforma con un sistema chiamato plug-in (una domanda che si riferisce a un altro per portare una nuova funzione specifica).

Tuttavia, aggiunge, questa piattaforma è diventata troppo caotica con tutte le applicazioni, non solo per l'imaging biomedico. Inoltre ha iniziato a utilizzare per il trattamento di immagini di astronomia, il monitoraggio video, ecc. "C'è stato un grande incontrollata e la mancanza di struttura", dice.

Di conseguenza, questo gruppo di ricercatori, "senza il supporto di nessuno e spontaneamente"Abbiamo deciso di creare una nuova piattaforma open source per mettere ciò che esisteva e riutilizzato quello che era interessante e utile per il loro lavoro.

"Abbiamoun tipo di sito web wikipedia ordinata, in cui le persone potrebbero contribuire e utilizzare le loro conoscenzeper aiutare gli altri. Con nostra sorpresa, è diventato molto popolare, "dice. Secondo Ignacio Arganda, Fiji ha attualmente 127.000 visite uniche (20.000 nuovi ogni mese).

Un punto di riferimento

"Gli utenti danno grande qualità a questa piattaforma con i loro contributi e questa è una grande spinta per sempre più persone condividere il loro codice liberamente. Pertanto Fiji diventare uno standard de facto nel campo dell'imaging biomedico "sottolinea Arganda

"Questo era il nostro obiettivo, perché la maggior parte di noi coinvolti in questo progetto ha lavorato per anni nel campo della diagnostica per immagini e siamo stati troppo spesso con articoli cheriferimento a un metodo fantastico per il trattamento di immagini, ma alla fine non riusciva a vedere se era vero o no, perché la tecnica è stata associata ad un programma che non è stato fornito e alcune immagini che non erano accessibili. "

Ci sono attualmentecirca 20 sviluppatori distribuiti in tutto il mondo del lavoro per migliorare la piattaforma e farlo gratuitamente. "Tutti sono gli scienziati che hanno un proprio progetto, ma che si sviluppano su questa piattaforma, perché è più comodo e lo considerano più interessante", dice Arganda.

In questo investigatore contattato i promotori delle Fiji per la sua tesi di dottorato. "Ho lavorato su un progetto per studiare lo sviluppo della ghiandola mammaria e del cancro al seno nei topi e sezioni di tessuto stava. Ha iniziato a sviluppare un programma per l'allineamento elastica di immagini aconsentono la ricostruzione 3D. Erano interessati e mi hanno chiamato per collaborare sulla piattaforma. "

Questo è un esempio di come le cose sono in Fiji, dice. Ora Arganda lavora in sistemi di apprendimento della macchina fermariconoscere i bordi in neuroni immaginimicroscopia elettronica in Computational Neuroscience Laboratory del MIT. Le applicazioni che sono state sviluppate sulla piattaforma anche discarica.

Il successo con le imprese

Il ricercatore è convinto che il successo di Fiji sta cambiando anche il modo in cui operano le imprese del settore imaging biomedico, sia le grandi imprese e laboratori di microscopia. "Queste aziende riconoscono questa piattaforma comeun elevato standard di qualitàe sanno di avere due opzioni: o competere o cooperare con le Figi. Si può fare il vostro proprio plug-in per lavorare sulla piattaforma e poi tenerli se si tratta di qualcosa di molto specifico, possono essere venduti agli utenti. "

"Per me un microscopio società mi ha contattato perché stavano usando il mio programma elastico di allineamento per le immaginicorreggere le distorsioni nei loro microscopi. Ho chiesto a una specifica versione di un programma di sviluppo, ma è stato fatto per la mia tesi, così non ho potuto vendere facilmente. Alla fine abbiamo deciso che potrebbe essere utilizzata con la sola condizione che, se hanno fatto qualche miglioramento avrebbe dovuto informarmi che ho potuto includere codice come libera e caricarlo sulla piattaforma. "

Ignacio Arganda spiega che, come lui, ci sono altri ricercatori che hanno avuto contatti con le aziende che li hanno assunti come consulenti per i giorni per mantenere il codice di cui avevano bisogno per sviluppare i loro prodotti.

"La piattaforma offre grande visibilità, dice. Offerto a me il post-dottorato presso l'Università di Stanford e MIT perché avevano accesso al mio elastico codice allineamento e sapeva quello che era capace di", conclude.

Mappatura connessioni neurali

Ignacio Arganda sta facendo il suo postdoc in Computational Neuroscience Laboratory del MIT, diretto da Sebastian Seung dei media, uno dei leaderConnectome progetto. Questa iniziativa mira ad avere una mappa di tutte le connessioni neurali del cervello da un'applicazione online che qui si chiamaeyewire.orgaperto alla partecipazione del pubblico.

Arganda si occupa in via di sviluppoprogrammi di intelligenza artificiale riconosce automaticamente il contorno dei neuronie quindi in grado di ricostruire il cablaggio in queste aree del cervello.

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