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A 'WIKIPEDIA' POUR images biomédicales

Un «Wikipedia» pour images biomédicales

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Un «Wikipedia» pour images biomédicales

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Un groupe de chercheurs, y compris Ignacio Arganda, un chercheur post-doctoral dans le laboratoire de neurosciences computationnelles à l'Institut de technologie du Massachusetts (MIT) ont lancéFidjiUne plate-forme qui permetde partager des applications en vue d'améliorer et de faire progresser le traitement et l'analyse d'images biomédicales. "Ce open source", a déclaré Arganda.

La plate-forme a été construite sur les fondations d'une heure, appeléImageJ, Bien connu dans l'industrie à l'époque et n'était pas open source, mais le domaine public. Selon Arganda, a eu l'avantage que toute personne travaillant dans l'imagerie médicale pourrait être fait très facilementmorceaux de logiciel pour résoudre leurs propres problèmeset de les mettre sur la plate-forme avec un système appelé plug-in (une application qui se rapporte à un autre pour vous apporter fonction nouvelle et spécifique).

Toutefois, il ajoute, cette plate-forme est devenue trop chaotique avec toutes sortes d'applications, et pas seulement l'imagerie biomédicale. Ont également commencé à être utilisé pour traiter des images d'astronomie au suivi vidéo, etc. «Il y avait un très grand incontrôlée et le manque de structure», dit-il.

Par conséquent, ce groupe de chercheurs, "sans le soutien de tout le monde et spontanément"Nous avons décidé de créer une nouvelle plate-forme open source pour mettre de l'ordre dans ce qui existait déjà et réutilisés ce qui était intéressant et utile pour leur travail.

«Nouswikipedia Type ordonnée d'un site Web dans lequel les gens pourraient contribuer et utiliser leurs connaissancespour aider les autres. A notre grande surprise, il est devenu très populaire ", dit-il. Selon Ignacio Arganda, Fidji a actuellement 127.000 visiteurs uniques (20.000 nouveaux chaque mois).

Une référence

"Les utilisateurs donnent une grande qualité de cette plate-forme avec leurs contributions et c'est une impulsion majeure à plus de gens partagent leur code librement. Par conséquent Fidji devenu un standard de facto dans le domaine de l'imagerie biomédicale », souligne Arganda

«C'était notre objectif parce que la plupart d'entre nous impliqués dans ce projet ont travaillé pendant des années dans le domaine de l'imagerie médicale et nous avons été trop souvent des articles quia fait référence à une méthode fantastique pour traiter des images, mais en fin de compte ne pouvait pas voir si c'était vrai ou pas parce que la technique a été associée à un programme qui n'était pas prévu et quelques images qui n'étaient pas accessibles ".

Il n'y aenviron 20 développeurs répartis dans le monde entier travaillant à améliorer la plate-forme et le faire gratuitement. «Tous sont des scientifiques qui ont leur propre projet, mais qui se développent sur cette plate-forme, car il est plus pratique et considèrent qu'il est plus intéressant», dit Arganda.

Dans ce enquêteur a communiqué avec les promoteurs de Fidji pour sa thèse de doctorat. «J'ai travaillé sur un projet pour étudier le développement de la glande mammaire et le cancer du sein chez les souris et avait quelques coupes de tissus. Commencé à élaborer un programme pour l'alignement élastique des images pourpermettre la reconstruction 3D. J'étais intéressé et appelé à collaborer à la plate-forme ".

Ceci est un exemple de la façon dont les choses sont dans les îles Fidji, explique. Arganda travaille maintenant dans les systèmes d'apprentissage automatique arrêterreconnaître bords en images neuronesmicroscopie électronique dans le laboratoire de neurosciences computationnelles au MIT. Les applications ont été développées sur la sauvegarde de la plate-forme aussi.

Le succès des entreprises

Le chercheur estime que le succès de Fidji est également en train de changer la façon dont les entreprises du secteur de l'imagerie biomédicale, les deux grandes entreprises et laboratoires microscopie opèrent. «Ces entreprises reconnaissent cette plate-formeune norme de haute qualitéet je sais qu'ils ont deux options: soit en compétition ou collaborer avec les Fidji. Vous pouvez faire votre propre plug-in pour travailler sur la plate-forme et les garder et puis si c'est quelque chose de très spécifique, peut être vendu à des utilisateurs ".

"Moi par exemple une société microscopie m'a contacté parce qu'ils utilisent mes images du programme d'alignement élastiquesdéformations corrects dans leurs microscopes. J'ai demandé à une version spécifique du programme, mais j'étais un développement réalisés au cours de ma thèse, je ne pouvais pas vendre facilement. En fin de compte nous avons convenu qu'il pourrait être utilisé à la seule condition que si ils apporté des améliorations auraient pour m'informer afin que je puisse l'inclure comme open source et de le transférer à la plate-forme ".

Ignacio Arganda explique que, comme lui, il ya d'autres chercheurs qui ont également eu des contacts avec des entreprises qui les ont embauchés comme consultants pour les jours pour garder le code dont ils ont besoin pour développer leurs produits.

"La plate-forme vous donne une grande visibilité dit-elle. A m'a offert le post-doc à l'Université de Stanford et au MIT parce qu'ils avaient accès à mon code d'alignement élastique et savait de quoi il était capable," conclut-il.

La cartographie des connexions neuronales

Ignacio Arganda fait son postdoc en laboratoire de neurosciences computationnelles au MIT, dirigé par Sebastian Seung médias, l'un des leaders deConnectome projet. Cette initiative vise à avoir une carte de toutes les connexions neuronales du cerveau de partir d'une application 'on line' appeleyewire.orgouvert à la participation du public.

Arganda s'intéresse au développementprogrammes d'intelligence artificielle qui reconnaissent automatiquement le contour des neuroneset ensuite être capable de reconstruire le câblage dans ces zones du cerveau.

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